A falu történelme a 13. századig nyúl vissza, ami a vallási vonatkozású írásokat illeti. Ekkortájt egy festői szépségű bencés apátság volt fellelhető a mostani Zebegény helyén, a hegyoldalban, amelyet
az iratok Monasterium de Zebeguen-ként emlegetnek. A török megszállás alatt a teljes épület és közösség a semmibe veszett.
Zebegényt, mint községet a 18. században 7 betelepített sváb család alapította, a mai napig itt élnek a leszármazottak.
A község első temploma a Kálvária-domb sziklájába bevájt Szentélyből és eléje épített helyiségből állt. Harangja 1749-ből való, mely jelenleg a Kós Károly féle templomban látható.
1828-ban a község lakóinak száma 554 fő, lakóházainak száma 92 db volt. Ekkor a foglalkozási ágak: földművelés, erdőgazdálkodás és egy vendégfogadó működtetése volt. Fő gazdaságai szőlős
hegyében, sok gyümölcsösében, tölgyerdőiben és vízimalmaiban volt. A patakon működő vízimalmait a váci és esztergomi gazdák is igénybe vették.
1846-ban kezdték építeni a Budapest-Pozsony vasútvonalat, amelynek Vác-Párkánynána közötti szakaszát 1851-ben adják át a forgalomnak. Ez Zebegényt is érintette. Ekkor épült meg a hétlyukú zebegényi vasúti boltozott völgyhíd, ami a maga nemében Magyarországon kiemelkedő ipari műemlék. Zebegény vasútállomást kapott. Az állomás épülete a Monarchia stílusában épült. Eredeti formájával turisztikai látványosság.
A falu temetője a Kálvária-domb déli oldalában helyezkedik el. Fekvése, domborzati viszonyai és érdekes elrendezése miatt az ország egyik legszebb temetője.
1853-ban Fischer Borbála jóvoltából a Kálvária dombon megépült a homlokzati tornyos kisméretű, keletelt, klasszicista kálvária kápolna.
Ebben az időben épült a kápolnához vezető út mellett kilenc stációs ház; mindegyiken kis fülkében Jézus keresztútját ábrázoló kép.
Feltehetően a XIX. század elején épült a kálvária É-nyugati lábánál a
Nepomuki Szent János kápolna (úti kápolna).
1908-1910. között Havas Boldogasszony tiszteletére épült a zebegényi plébánia templom, Kós Károly erdélyi polihisztor (építész, író, néprajztudós) és Jánszky Béla tervei alapján szecessziós stílusban az
erdélyi templomok mintájára. Freskóit kőrösfői Krisch Aladár tervei alapján tanítványai készítették Leszkovszky György tanársegéd festőművész irányításával.
Az 1900-as évek elejétől egyre ismertebbé vált Zebegény. Főleg a fővárosi polgárok közül egyre többen felfedezték. Ekkor épülnek az első nyaralóházak, villák. Páratlanul szép természeti adottságai és kiváló, gyógyító levegője ugyancsak eredeti falusi arculata pezsgő nyaralóéletet indukált. 1924-ben Szőnyi István festőművész - aki elnyerte a Szinyei társaság első ízben kiadott nagydíját - feleségül
vette a zebegényi nyaraló tulajdonos, földművelésügyi államtitkár Bartóky József kisebbik lányát, Bartóky Melindát és nem sokkal később zebegénybe költöztek.
Ha Zebegény történetében mérföldköveket állítanánk, akkor az egyik jelentős mérföldkövet 1910-26-ra kell állítani. Zebegény arculatának kialakulása és jövőképének meglapozása ide tehető.
Az új templom építése kapcsán megjelent Kos Károly és művésztársai, majd Szőnyi István és az általa létrejött művészkolónia jó értelemben megpecsételte Zebegény sorsát. A század első felében olyan
pezsgő, magas szellemi színvonalú nyaralóéletnek lehettek tanúi elődeink, ami meg nem ismételhető.
Így írt Szőnyi:
"A táj és az ember összefüggő és elválaszthatatlan egységét láttam meg Zebegényben, olyan környezetben, mely nagyon megfelelt elgondolásaimnak. Az én képeim témája ez a két dolog a
világon, amihez legerősebb szálakkal vagyok hozzáfűzve: Zebegény és a családom..."
Ennek az időszaknak és ezen személyiségeknek köszönhetően vonult be Zebegény neve a művészettörténelembe. Szőnyi István "zebegényi remeteségét" a hosszú nyarakat itt eltöltő és alkotó művészek oldották föl, úgy mint Elekfy Jenő, Medveczky Jenő, Vass Elemér, Szobotka Imre, Berény Róbert, Aba Novák Vilmos, Bernáth Aurél. Ezekben az évtizedekben a helyi építkezés is stílusában átalakult. Sorra épültek a polgári nyaralók, a szép környezetbe illő villák.